Trong thời gian V.League 1 2021 tạm dừng do ảnh hưởng của dịch bệnh, công ty VPF, BĐH giải và các CLB ngoài việc chuẩn bị cho sự trở lại của V-League 2021, còn chuẩn bị cho màn khởi tranh của Cúp Quốc gia 2021.
Giải bóng đá Cup Quốc Gia 2021 dự kiến khai mạc ngày 09/04/2021 với 27 CLB tham dự trong đó 14 đại diện từ V-League 2021 và 13 đại diện từ Giải HNQG 2021 . Đội vô địch sẽ tham dự AFC Cup 2022 (nếu đáp ứng đầy đủ quy định của AFC), cũng như tham dự trận Siêu Cúp Quốc gia 2021.
Lễ bốc thăm Cúp Quốc gia 2021 được tổ chức dưới hình thức trực tuyến, đại diện các CLB theo dõi từ xa để đảm bảo công tác phòng chống dịch bệnh.
Trận khai mạc Cúp Quốc gia 2021 là màn đối đầu giữa Topeland Bình Định và Long An (SVĐ Quy Nhơn). Đội thắng trong cặp đấu này sẽ chạm trán Than Quảng Ninh ở vòng đấu tiếp theo.
Bốn CLB Hà Nội, Than Quảng Ninh, TP Hồ Chí Minh và Viettel do có thành tích cao tại Cúp Quốc gia 2020 sẽ trực tiếp vượt qua vòng loại. CLB Topeland Bình Định được lựa chọn tổ chức Lễ khai mạc chính thức của Giải.
Đội vô địch Cúp Quốc Gia 2021 sẽ nhận giải thưởng 1 tỷ đồng, CLB Giải Nhì nhận giải thưởng 500 triệu đồng, CLB Giải Ba nhận giải thưởng 200 triệu đồng.
Giải hạng Nhất Quốc gia 2021 dự kiến diễn ra từ ngày 20/3 tới 18/9 với sự tham dự của 13 đội bóng. Như vậy, mỗi vòng đấu sẽ có 1 đội được nghỉ. Ở vòng mở màn, Phù Đồng sẽ là đội không thi đấu.
Các đội bóng sẽ thi đấu vòng tròn một lượt trong giai đoạn I, sau đó chia thành hai nhóm ở giai đoạn II. Nhóm A gồm 7 đội dẫn đầu tranh ngôi vô địch và 1,5 suất lên V-League. Nhóm B gồm 6 đội sẽ cạnh tranh để tránh 1 suất xuống hạng.