Ngày 27/6, buổi lễ bốc thăm vòng loại thứ ba World Cup 2026 đã diễn ra. Kết quả, đội tuyển Indonesia nằm ở bảng C cùng với Nhật Bản, Australia, Ả Rập Xê Út, Bahrain và Trung Quốc. Nhật Bản, Australia, Ả Rập Xê Út được đánh giá là có sức mạnh vượt trội so với phần lại và sẽ cạnh tranh với nhau để giành 2 vé trực tiếp đến thẳng World Cup. Trong khi đó, Trung Quốc và Bahrain cũng được đánh giá nhỉnh hơn một chút so với Indonesia.
Bảng C cũng được đánh giá là bảng đấu khắc nghiệt nhất. Nhiều người sẽ đánh giá rằng, Indonesia gần như không có cửa vượt qua vòng loại 3, hay thậm chí là tranh chấp vị trí tham dự loạt trận play-off. Đây quả thực là nhiệm vụ ngoài tầm với của họ. Tờ Bola Indonesia cũng đã đăng tải bài viết: "Indonesia rời vào bảng tử thần, CĐV chỉ ước đứng hạng tư". Trong đó, nếu ra các ý kiến không mấy lạc quan dành cho ĐT Indonesia. Phản ứng chung của cư dân mạng xứ vạn đảo đều cho rằng, đây là dịp để họ học hỏi và cọ xát nhiều hơn là đặt mục tiêu vươn xa.
Trong khi đó, bảng A có sự xuất hiện của Iran, Qatar, Uzbekistan, UAE, Kyrgyzstan và CHDCND Triều Tiên. Bảng B gồm Hàn Quốc, Iraq, Jordan, Oman, Palestine và Kuwait.
Vòng loại thứ ba World Cup 2026 sẽ diễn ra từ ngày 5/9/2024 đến 10/6/2025. 2 đội đứng đầu mỗi bảng sẽ giành quyền dự vòng chung kết. Các đội đứng thứ 3 và 4 mỗi bảng sẽ vào vòng loại thứ tư.
Ở vòng loại thứ tư, 6 đội được chia vào hai bảng, mỗi bảng 3 đội. Ban tổ chức đổi sang thể thức thi đấu vòng tròn một lượt ở địa điểm tập trung. Đội đứng đầu mỗi bảng sẽ giành suất dự vòng chung kết World Cup 2026. Đội đứng thứ hai mỗi bảng sẽ gặp nhau để đấu loại trực tiếp hai lượt (sân nhà, sân khách). Đội thắng sẽ thi đấu trận play-off liên lục địa.