Pepe gia nhập Arsenal từ Lille vào năm 2019 với mức giá 72 triệu bảng, một con số kỷ lục tại thời điểm đó. Tuy nhiên, dưới thời HLV Mikel Arteta, anh không thể thích ứng và đã bị đẩy đi theo dạng cho mượn. Cuối cùng, anh chuyển đến Trabzonspor vào tháng 9 năm ngoái với tư cách cầu thủ tự do.
The Telegraph cho biết tổng chi phí cho Pepe bao gồm cả chi phí chuyển nhượng và tiền lương lên đến hơn 100 triệu bảng. Trong suốt thời gian ở Arsenal, Pepe ra sân 112 lần, ghi 27 bàn thắng và có 21 đường kiến tạo. Tuy nhiên, anh thường xuyên không thể tỏa sáng trong những trận đấu lớn và trở thành một trong những bản hợp đồng đắt đỏ nhất và thất bại nhất trong lịch sử đội bóng.
Sự ra đi của Pepe từ Arsenal vào mùa Hè năm ngoái được coi là một quyết định khôn ngoan của HLV Arteta. Khi nói về việc này, ông nói: “Đó không phải là quyết định mà tôi đưa ra một mình. Chúng tôi đã có những sự bàn bạc kỹ lưỡng trước khi đưa ra mọi quyết định”.